武夷山为世界乌龙茶发源地，同时也是茶树品种王国。由于频繁的种间杂交和多倍化导致了茶树的系统进化与分类学研究一直是植物学上的热点，存在诸多待进一步探索的问题，比如：（1）茶树的独立驯化起源问题：长期以来普遍观点认为两大类茶树-中国型茶树与阿萨姆茶树（印度）有着区别的起源，但是后来在中国又发现了一种阿萨姆型茶，从而对中国阿萨姆型茶与印度阿萨姆茶之间是否存在两个不同的谱系产生了争议（即茶树的三个独立驯化假说）；（2）多倍化是导致茶树遗传多样性的重要因素之一，至今为止多倍化对于结构保守的茶树叶绿体基因组产生影响研究较少；（3）茶树叶绿体基因组在进化过程中是否存在规律。
针对以上问题，武夷学院茶学学科洪永聪科研团队组装了第一个三倍体茶树（武夷菜茶水仙茶树品种）的叶绿体全基因组，并与二倍体的中国型茶树、中国阿萨姆型茶树、印度阿萨姆型茶树进行了全面详细的比较，并构建了目前最全面的山茶属植物叶绿体基因组的系统进化树。研究发现：（1）茶树的叶绿体基因组进化过程中序列的变异始终伴随着序列的重复与插入缺失，证实了序列重复与插入缺失是诱导叶绿体基因变异的主要动力；（2）茶树在三倍化过程中发生了叶绿体转移现象；（3）茶树物种进化分歧时间分析表明中国阿萨姆型茶树与印度阿萨姆树分化时间远远早于已知驯化时间，因此支持了三个独立驯化起源假说；（4）基于叶绿体全基因组的山茶属植物系统分类与目前基于形态学的分类存在部分差异，因此基于形态学上的山茶属植物分类可能还需要进一步的探讨。同时，该研究还利用三倍体茶树的叶绿体转移现象为武夷水仙茶树的提供了一个分子鉴别标记，并申报专利。
该项目研究创新性地从叶绿体全基因组角度出发对茶树进化进行了综合性的探讨，文章以“Comparative chloroplast genomes: insights into the evolution of the chloroplast genome of Camellia sinensis and the phylogeny of Camellia”为题发表在国际基因组学重要杂志BMC genomics（2021, 22:138; https://doi.org/10.1186/s12864-021-07427-2）上，由李力博士与两位武夷学院园艺专业本科生何敏同学、胡云飞同学并列第一作者，洪永聪博士、教授为通讯作者。
