中共武夷学院纪律检查委员会与福建省监委驻武夷学院监察专员办公室合署办公，下设武夷学院纪委（监察专员办）综合室、纪检监察室，均为学校中层正职部门。

武夷学院纪委（监察专员办）综合室下设综合科；武夷学院纪委（监察专员办）纪检监察室下设纪检监察科、安全审理科。